Marktflecken und Pfarrkirche werden 1160 urkundlich genannt. Die Gründung der Pfarrei Heiligenstadt geschah durch das Bistum Würzburg, da das Bistum Bamberg zur Gründungszeit noch nicht bestand. Ab 1401 versah Johann von Streitberg als Domherr von Bamberg die Pfarrei Heiligenstadt – er war später Bischof in Regensburg.
Streitberg war seit 1529 bereits lutherisch, nicht so die Streitberger Patronatsherren, die für Heiligenstadt zuständig waren. Erst Dietrich von Streitberg, wohnhaft in Burggrub, sympathisierte mit dem Luthertum, was auf den Einfluss seiner Schwiegermutter aus dem Hause des Reformators von Hutten zurückgehen könnte. Der erste lutherische Prediger in Heiligenstadt war dann Paul Limmer aus Walsdorf. Dieser verbüßte 1574 eine Kirchenstrafe in Bamberg, weil er das Abendmahl mit Brot und Wein gefeiert hatte. 1582 setzte ihn Dietrich von Streitberg in Heiligenstadt ein. Damit war der Ort evangelisch geprägt und wurde Lutherisch Hallstadt genannt, im Gegensatz zu Katholisch Hallstadt bei Bamberg. Der Ortsname änderte sich erst später.
„Das ist ja eine richtig katholische Kirche!“, rief ein erstaunter Kirchenbesucher aus. Ihm waren die farbenfrohen Bildkassetten der Emporen und der Decke sofort ins Auge gestochen. Was er nicht wissen konnte: die vormalige Kirche war beim großen Brand 1634 vollkommen zerstört worden. Der jetzige Bau konnte dann 1652 eingeweiht werden, in einer Zeit, als der Ort schon lange „lutherisch“ war. Und wenn man genau hinsieht, entdeckt man allein im Bauwerk etliche Schwerpunkte der Reformation.
Viele Kanzeln unserer Gegend ruhen auf einer Mosedarstellung (z.B. Pegnitz, Mose mit den Gebotstafeln). In der St. Veit Michaelskirche steht die Kanzel als Ort der Wortverkündigung nicht auf „dem Gesetz“, sondern auf einer Säule umrankt mit Weinlaub. Das Wort basiert auf Jesus, dem Weinstock („Allein Christus“). So finden sich in der Kirche auch keine weiteren „Mittler der Gnade“. Da durch die Reformation das Lesen der Bibel („sola scriptura“) als wesentliche Säule des Glaubens in den Vordergrund rückte, entstand an den Emporen eine Art Bilderbibel. So Ansicht eines unbekannten Künstlers von 1814. So konnte man wesentliche Szenen aus dem Neuen Testament und dem Alten Testament entdecken, auch die, die damals nicht lesen konnten.
Bis vor wenigen Jahrzehnten war die Beichte beim Lehrer vor dem Ende der Schulzeit üblich, auch behielt man die persönliche Beichte, nun als Beichtgespräch mit dem Pfarrer bei. Luther hatte die Beichte verändert, eben hin zum Gespräch mit anschließender Absolution, aber nie abgeschafft. Der Übergang zum Reformatorischen war nicht in allen Fällen ohne Haken und Ösen. So errichtete man 1661 eine Marter beim Grentzelstein. Da dies der Kirchenleitung missfiel, wurde sie wieder abgerissen. Heute steht sie wieder als Mariensäule am Altenberg, eben dieser Stelle. Auch war der amtierende Pfarrer Johann Horlmus, früherer Chorherr des Klosters Neunkirchen, nur äußerlich bereit zur Anpassung. Unter seiner Kleidung trug er stets sein altes geistliches Gewand. Auch gab es Ärger, weil Gemeindemitglieder aus dem katholischen Tiefenpölz nach Heiligenstadt in die Kirche gingen. In den alten Berichten (1803) kann man nachlesen, dass von der Reformation an die protestantischen Grundsätze betreffs der Kirchenleitung von der Seite des Hochstifts Bamberg „weder gestört noch angefochten“ wurden. Die Kirche und die Schule von Heiligenstadt unterstanden seit 1690 dem Hochstift Bamberg. Das verliehene Patronat wurde von den Grafen von Stauffenberg wahrgenommen, die ja ihre Edelempore in der Kirche beibehielten, obwohl sie katholisch waren und weiterhin bis 1969 das Patronat inne hatten und somit die evangelischen Pfarrer bestellten. Die gute Gemeinschaft mit allen anderen Kirchen ist bis heute erhalten.
Harro Preiss